Prevalencia, distribución y caracterización molecular de los virus de las encefalitis equinas del este, oeste y venezolana en Costa Rica
tesis doctoral
Fecha
2023Autor
León Rodríguez, Bernal Alberto
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Los virus de las encefalitis equinas del Este (EEEV), Oeste (WEEV) y Venezolana (VEEV)
pertenecen al género Alfavirus, familia Togaviridae, son agentes zoonóticos, que ocasionan
infecciones importantes desde Norte América, Centro América, las islas del Caribe y
Sudamérica (Aguilar et al., 2011; Figueiredo, 2007; Strauss & Strauss, 1994). En Costa
Rica producen brotes periódicos en diferentes regiones del país. Estos brotes afectan
principalmente a equinos y esporádicamente a seres humanos Este estudio se centró en los
dos Alfavirus que mostraron estar presentes en el país, el EEEV y el VEEV. En la primera
parte del proyecto se confirmó la presencia, prevalencia y distribución geográfica de estos
virus, así como la frecuencia con que se presentan los casos o brotes y posibles patrones de
estacionalidad y factores de riesgo asociados a estas infecciones, basados en dos estudios
serológicos uno de tipo transversal y otro longitudinal. Ambos estudios se llevaron a cabo a
partir de ELISAs para la detección de IgG, IgM y pruebas de neutralización viral.
En la segunda parte del proyecto realizó un análisis filogenético, para conocer las
relaciones evolutivas entre los diferentes subtipos del complejo I del VEEV, se estableció
el origen y el tiempo de los ancestros comunes más recientes (TMRCA), además de
identificar posibles mutaciones asociadas con la patogénesis del VEEV. Para ello se
compararon pruebas de RT-PCR universales descritas previamente para seleccionar el
mejor RT-PCR en términos de sensibilidad y especificidad, se implementaron métodos de
secuenciación de Sanger y de nueva generación, y se utilizaron programas bioinformáticos
y bases de datos. Finalmente, en la tercera etapa del estudio se generó un modelo de nicho
usando el programa MaxEnt que permitió identificar áreas geográficas dónde pueden
ocurrir nuevos brotes del VEEV a partir de datos de presencia de VEEV establecidos en
este estudio. The Eastern (EEEV), Western (WEEV), and Venezuelan (VEEV) equine encephalitis
viruses belong to the genus Alphavirus, family Togaviridae, these are zoonotic agents that
cause significant infections in North America, Central America, the Caribbean islands, and
South America (Aguilar et al., 2011; Figueiredo, 2007; Strauss & Strauss, 1994). In Costa
Rica, they produce periodic outbreaks in different regions of the country. These outbreaks
mainly affect horses and sporadically humans. This study focused on the two Alphaviruses
that were shown to be present in the country, EEEV, and VEEV. The first part of the
project confirmed the presence, prevalence, and geographical distribution of these viruses,
as well as the frequency of cases or outbreaks and possible seasonality patterns and risk
factors associated with these infections, based on two serological studies, one cross sectional and the other longitudinal. Both studies were carried out using ELISAs for the
detection of IgG, IgM, and viral neutralization tests.
In the second part of the project, a phylogenetic analysis was performed to determine the
evolutionary relationships between the different subtypes of VEEV complex I, to establish
the origin and the time of the most recent common ancestors (TMRCA), and to identify
possible mutations associated with the pathogenesis of VEEV. For this purpose, previously
described universal RT-PCR tests were compared to select the best RT-PCR in terms of
sensitivity and specificity, Sanger and next-generation sequencing methods were
implemented, and bioinformatics programs and databases were used. Finally, in the third
stage of the study, a niche model was generated using the MaxEnt program that allowed the
identification of geographic areas where new VEEV outbreaks may occur from VEEV
presence data established in this study.
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- Microbiología [1171]