Genetic diversity and structure of wild populations of the tropical dry forest tree Jacaratia mexicana (Brassicales: Caricaceae) at a local scale in Mexico.

Arias, Dulce M.; Albarrán Lara, Ana L.; González Rodríguez, Antonio; Peñaloza Ramírez, Juan; Dorado, Oscar; Leyva, Esaú

dc.creator	Arias, Dulce M.
dc.creator	Albarrán Lara, Ana L.
dc.creator	González Rodríguez, Antonio
dc.creator	Peñaloza Ramírez, Juan
dc.creator	Dorado, Oscar
dc.creator	Leyva, Esaú
dc.date	2012-10-11
dc.date.accessioned	2016-05-03T15:32:53Z
dc.date.available	2016-05-03T15:32:53Z
dc.identifier	http://revistas.ucr.ac.cr/index.php/rbt/article/view/2359
dc.identifier	10.15517/rbt.v60i1.2359
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10669/27396
dc.description	The tropical dry forest is a greatly endangered ecosystem, from which Jacaratia mexicana is a native tree. With the aim to assess the levels of genetic variation and population structure, four wild populations of J. mexicana were studied in the Sierra de Huautla Biosphere Reserve, Morelos, Mexico. For this, DNA was extracted from 159 individuals and were amplified with six random primers using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). A total of 54 bands were obtained, of which 50 (92.6%) were polymorphic. The total genetic diversity found within the four populations was 0.451 when estimated by Shannon's index. An AMOVA analysis showed that 84% of the total genetic variation was found within populations and 16% was among populations. The UPGMA dendrogram showed that all individuals from one of the populations (Huaxtla) formed one distinct genetic group, while the rest of the individuals did not cluster according to population. A Mantel test did not show an association between genetic and geographical distances among populations (r=0.893, p=0.20). A Bayesian cluster analysis performed with STRUCTURE, showed that the most probable number of genetic groups in the data was four (K=4), and confirmed the distinctness of Huaxtla population. Our results showed that important genetic differentiation among populations can occur even at this small geographic scale and this has to be considered in conservation actions for this genetic resource.	en-US
dc.description	Jacaratia mexicana es un árbol nativo del bosque tropical seco, que es considerado el tipo de vegetación en mayor riesgo de desaparecer completamente. Se utilizaron polimorfismos de ADN amplificados al azar (RAPD, Random Amplified Polymorphic DNA), para evaluar los niveles de variación y estructura genética en cuatro poblaciones silvestres de J. mexicana en la Reserva de la Biósfera Sierra de Huautla (Morelos, México). Se amplificó el ADN de 159 individuos utilizando seis oligonucleótidos ("primers") aleatorios. Se obtuvieron en total 54 bandas, de las cuales 50 (92.6%) fueron polimórficas. La diversidad genética total que se encontró en las cuatro poblaciones de J. mexicana fue de 0.451 de acuerdo con el índice de Shannon. Un análisis de varianza molecular (AMOVA) mostró que el 84% de la variación genética total se encuentra dentro de las poblaciones y el 16% entre las poblaciones. Un dendrograma construido mediante el algoritmo UPGMA mostró que los individuos de una población (Huaxtla) formaron un grupo, mientras que el resto de los individuos no se agruparon de acuerdo a su población de origen. Una prueba de Mantel no mostró una asociación entre las distancias genéticas y geográficas entre las poblaciones (r=0.893, p=0.20). Un análisis de agrupamiento Bayesiano realizado mediante STRUCTURE mostró que el número más probable de grupos genéticos es cuatro (K=4) y confirmó la diferenciación de la población Huaxtla. Nuestros resultados muestran que una considerable diferenciación genética entre poblaciones puede existir incluso a esta escala geográfica, lo cual es de interés para la conservación de este recurso genético.	es-ES
dc.format	application/pdf
dc.language	eng
dc.publisher	Universidad de Costa Rica	en-US
dc.rights	Copyright (c) 2014 International Journal of Tropical Biology and Conservation	en-US
dc.source	Revista de Biología Tropical/International Journal of Tropical Biology and Conservation; Vol. 60 (1) March 2012	en-US
dc.source	Revista de Biología Tropical/International Journal of Tropical Biology and Conservation; Vol. 60 (1) March 2012	es-ES
dc.source	Revista Biología Tropical; Vol. 60 (1) March 2012	pt-PT
dc.source	2215-2075
dc.source	0034-7744
dc.source	10.15517/rbt.v60i1
dc.subject	jacaratia mexicana	en-US
dc.subject	caricaceae	en-US
dc.subject	genetic diversity	en-US
dc.subject	population structure	en-US
dc.subject	bayesian methods	en-US
dc.subject	rapds	en-US
dc.subject	jacaratia mexicana	es-ES
dc.subject	caricaceae	es-ES
dc.subject	diversidad genética	es-ES
dc.subject	estructura poblacional	es-ES
dc.subject	métodos bayesianos	es-ES
dc.subject	rapds	es-ES
dc.subject	reserva de la biósfera sierra de huautla	es-ES
dc.title	Genetic diversity and structure of wild populations of the tropical dry forest tree Jacaratia mexicana (Brassicales: Caricaceae) at a local scale in Mexico.	en-US
dc.title	Genetic diversity and structure of wild populations of the tropical dry forest tree Jacaratia mexicana (Brassicales: Caricaceae) at a local scale in Mexico.	es-ES
dc.type	artículo original

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Revista de Biología Tropical [2107]

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